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房地产配套学校纳税问题需根据学校性质和用途进行具体分析，主要涉及以下税种及政策：
一、契税
若学校由县级以上教育行政主管部门或劳动行政主管部门审批设立，并取得办学许可证，且土地、房屋权属用于教学，则免征契税。
非免征情形
若学校产权归企业所有或未明确产权归属，则需按商品房处理，缴纳契税。
二、房产税
自用免税
国家拨付事业经费或企业办的学校、幼儿园自用房产，免征房产税。
出租或出借
若学校将房产出租或出借，则需按从租计征房产税，税率为12%。
三、城镇土地使用税
免税情形
- 国家拨付事业经费的学校、幼儿园自用土地免征；
- 开发企业配建并移交政府的幼儿园，若产权归全体业主或无偿赠与公共机构，可免征。
其他情形
若土地为商品房或未明确产权，则需缴纳城镇土地使用税。
四、企业所得税
成本核算
- 非营利性配套幼儿园（产权归全体业主或无偿赠与）可按公共配套设施费用处理，计入当期成本；
- 营利性配套或产权归企业所有的设施需单独核算成本，按开发产品处理。
收入免税
学校提供非学历教育服务时，若选择简易计税方法，按3%征收率计算增值税，但企业所得税仍按正常税率25%征收。
五、增值税及附加税
教育机构： 提供非学历教育服务可选择3%征收率简易计税，但需注意增值税免税范围； 附加税
六、印花税
国家、事业单位赠与学校房产时，所立书据免征印花税。
总结
房地产配套学校的纳税义务需结合其性质（营利性/非营利性）、产权归属及使用方式综合判断。建议企业建立专项账目，明确区分教学用途与商业用途，并及时咨询税务机关以确保合规。
