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根据搜索结果，南京在工程审计领域表现突出的大专院校主要有以下两所，供参考：
一、南京审计大学
南京审计大学是江苏省重点建设高校，审计学、工程审计等专业实力强劲，多次入选江苏省特色高水平应用型本科专业。
专业排名
- 在全国工程审计专业中排名第一，是唯一以“审计”命名的全日制普通高校。
- 审计学专业在软科版中国大学排名第3，在校友会版排名第266名。
其他优势
拥有丰富的教学资源和实践机会，是财经类审计专业的首选院校。
二、南京信息工程大学
特色领域
以信息技术为特色，工程审计专业依托校内外资源，结合工科优势开展教学与研究。
学科建设
被评为江苏省特色高水平应用型本科院校，工程审计专业在省内具有较高知名度。
三、南京财经大学
财经类优势
财经管理学科为王牌，工程审计专业与财务、审计等学科协同发展，教学资源丰富。
四、南京医科大学
医学相关领域
虽然以医学为主，但其工程审计专业依托医学背景，结合医疗行业需求开展教学。
选择建议
优先考虑南京审计大学，若专注于审计或工程审计领域，其综合实力和行业认可度最高。
结合兴趣与职业规划： 若偏好工科背景，可考虑南京信息工程大学；若侧重财经管理，南京财经大学更合适。 参考多方排名
建议考生结合个人兴趣、职业规划及学校专业设置、教学资源等多方面因素，可通过学校官网、招生简章或实地考察进一步了解具体院校情况。
