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关于就业协议的替代文件，需根据具体法律关系和阶段进行区分：
一、 劳动合同可替代就业协议的情形
用人单位与毕业生签订劳动合同后，劳动合同成为确立劳动关系的核心法律文件，原就业协议中关于劳动关系建立前的条款可能被劳动合同替代。
原协议存在瑕疵时
若就业协议存在条款不符合实际或法律规定的情况，经双方协商一致，可签订新协议替代原协议。
二、 不能替代就业协议的情形
未确立劳动关系前
就业协议是毕业生与用人单位建立劳动关系的前置文件，劳动合同无法替代其作用。
法律效果不同
就业协议主要约束三方（校、企、生），而劳动合同仅约束用人单位与劳动者，二者法律属性不同。
三、 其他相关文件的作用
三方协议： 仅对校、企、生三方有效，用于就业管理、档案转递等手续，与劳动合同可并存但不替代。 就业证明
四、 注意事项
时间节点
就业协议通常在入职前签订，劳动合同需在入职后一个月内签订。
条款完整性
劳动合同需包含劳动合同法规定的必备条款（如试用期、工资、社保等），避免因条款缺失引发纠纷。
综上， 劳动合同是就业协议在劳动关系确立后的主要替代文件，但需注意签订时机和条款完整性。建议毕业生在签订新协议前，仔细审查内容，必要时咨询法律专业人士。
