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南京三中的初中部目前分为两个校区，具体信息如下：
初一、初二年级
位于 文昌巷63号（原九条巷），该校区于2018年6月正式启用。
初三年级
位于 新街口羊皮巷原67中学址（金銮校区），该校区于2018年6月完成建设并投入使用。
补充说明
原南京六中高中部（白下路193号）于2006年调整为三中高中部，2018年整体搬迁至白下路117号新校区。- 部分资料提到“原来的二十三中”可能指历史沿革中的老校区，但当前官方信息中已不再使用该名称。以上信息综合自多个来源，具体以南京市教育局最新公告为准。
